ด้วยฟอร์มการเล่นที่โดดเด่นทำให้ซีเอสเคเอ โซเฟีย สโมสรฟุตบอลยักษ์ใหญ่ของบัลแกเรียเซ็นสัญญาคว้าตัวเขามาร่วมทีมในขณะที่มีเบร์บาตอฟอายุ 17 ปี ก่อนจะได้ประเดิมสนามในทีมชุดใหญ่ครั้งแรกในฤดูกาล 1998-99 ด้วยวัยเพียง 18 ปี และนับจากนั้นเป็นต้นมา เบร์บาตอฟก็เริ่มสร้างชื่อให้กับตัวเองอย่างรวดเร็วด้วยการทำ 14 ประตู ในการลงสนามในลีก 27 นัด นอกจากนั้น ยังพาทีมคว้าแชมป์บอลถ้วยของบัลแกเรียมาครองด้วย

ในปี 2000-2001 สถิติทำ 9 ประตูใน 11 เกมในฤดูกาล ทำให้ไบเออร์ 04 เลเวอร์คูเซิน ทีมดังของแห่งศึกบุนเดสลีกา ตัดสินใจคว้าตัวดาวเตะชาวบัลแกเรีย มาช่วยล่าตาข่ายในเดือนม.ค. 2001

อย่างไรก็ตาม ช่วงแรกของเบร์บาตอฟกับไบเออร์ 04 เลเวอร์คูเซินไม่สวยหรูอย่างที่คิด เนื่องจากเขาทำได้แค่ 16 ประตูในการลงสนาม 67 นัดแรก โดยกว่าที่จะกลายเป็นกองหน้าเบอร์ 1 ของเลเวอร์คูเซิน ก็ต้องรอจนกระทั่งฤดูกาล 2003-04 ที่เขากดไป 16 ประตู จากการเริ่มต้นเป็นตัวจริง 24 นัด 2 ฤดูกาลถัดมา เบร์บาตอฟเริ่มทำผลงานได้ร้อนแรงขึ้นเรื่อย ๆ โดยสอยไปอีก 46 ประตู ซึ่งรวมถึง 5 ประตูในศึกยูฟ่าแชมเปียนส์ลีก ฤดูกาล 2004-05 และนั่นทำให้เขาเริ่มกลายเป็นที่สนใจของหลายสโมสรดังในยุโรป แต่สุดท้ายกลายเป็นทอตนัมฮอตสเปอร์ ทีมดังจากเกาะอังกฤษ ที่คว้าตัวรองดาวซัลโวบุนเดสลีกา ฤดูกาล 2005-06 ไปครองด้วยค่าตัว 16 ล้านยูโร (ราว 800 ล้านบาท) และทำสัญญาอย่างเป็นทางการในวันที่ 1 กรกฎาคม ค.ศ. 2006 ประตูแรกของในเกมอย่างเป็นทางการนัดแรกของเบร์บาตอฟกับสเปอส์ เกิดขึ้นในเกมพรีเมียร์ชิปที่พบกับเชฟฟีลด์ยูไนเต็ดที่ไวต์ฮาร์ตเลน นอกจากนั้น การประสานงานที่เข้าขากับร็อบบี คีน ก็ทำให้ทีม "ไก่เดือยทอง" ทะลุเข้าถึงรอบก่อนรองชนะเลิศยูฟ่าคัพ ก่อนจะพ่ายให้กับเซบียาที่กลายเป็นแชมป์ในเวลาต่อมา เบร์บาตอฟจบฤดูกาลแรกกับสเปอส์ด้วยการทำ 12 ประตูในการลงสนามในพรีเมียร์ลีก 33 นัด และช่วยผ่านบอลให้เพื่อนร่วมทีมทำประตูอีก 11 ลูก และฟอร์มการเล่นอันโดดเด่นดังกล่าวก็ทำให้เขาได้รับเลือกให้เป็นนักเตะยอดเยี่ยมแห่งฤดูกาลของทีมไก่เดือยทองด้วย ไม่เพียงเท่านั้น ยังติดทีมยอดเยี่ยมของพรีเมียร์ลีกเมื่อวันที่ 21 เมษายน ค.ศ. 2007 ด้วย นอกจากจะโดดเด่นในระดับสโมสรแล้ว ในทีมชาติ เบร์บาตอฟก็ถือว่าเป็นกำลังสำคัญของทีมเช่นกัน โดยหลังจากที่ติดธงครั้งแรกเมื่อปี ค.ศ. 1999 แล้วเขาก็ได้รับคัดเลือกให้เป็นนักเตะยอดเยี่ยมแห่งปีของบัลแกเรียถึง 3 สมัย ในปี ค.ศ. 2002, 2004 และ 2005 พร้อมกับทำหน้าที่กัปตันทีมด้วย

ฤดูกาล 2007-08 เบร์บาตอฟต้องเผชิญหน้ากับข่าวการย้ายทีมอย่างต่อเนื่อง โดยเฉพาะอย่างยิ่งในช่วงเปิดตลาดซื้อขายนักเตะรอบ 2 ในเดือนม.ค. 2008 ซึ่งแม้ว่าฆวนเด ราโมส กุนซือของทีม จะออกมายืนยันหลายครั้งว่าสเปอส์ไม่มีความคิดที่จะขายศูนย์หน้าตัวเก่งรายนี้ แต่ดูเหมือนว่าจะไม่สามารถลดกระแสข่าวลงได้เลย เซอร์ อเล็กซ์ เฟอร์กูสัน ยอดผู้จัดการทีมของแมนเชสเตอร์ยูไนเต็ด ไม่เคยปิดบังว่าเขาชื่นชอบทักษะและสัญชาตญาณการทำประตูของเบร์บาตอฟมากแค่ไหน แต่ความพยายามที่จะดึงตัวดาวยิงบัลแกเรียมาร่วมทีมอาจจะไม่ใช่เรื่องง่าย เพราะเชลซี ทีมเจ้าบุญทุ่มของเมืองผู้ดีก็พร้อมที่จะประเคนเงินก้อนโตให้สเปอส์ยอมใจอ่อนเช่นกัน เรื่องราวการย้ายทีมยังมีอย่างไม่ลดละ เบร์บาตอฟก็ได้แสดงออกอย่างชัดเจนในความต้องการที่จะย้ายมาร่วมทีมแมนเชสเตอร์ยูไนเต็ด ถึงขั้นเซ็นชื่อในเสื้อของแมนเชสเตอร์ยูไนเต็ด และในที่สุดเขาก็ได้ย้ายมาร่วมทีมนี้ด้วยค่าตัว 30.75 ล้านปอนด์ (หรือประมาณ 1,968 ล้านบาท)

ในฤดูกาลแรกเขาต้องแย่งชิงตำแหน่งกับการ์โลส เตเบซ หัวหอกชาวอาร์เจนตินา แต่หัวหอกชาวบัลแกเรียก็ยังไม่สามารถทำได้ จนในปีต่อมาหลังจากที่เตเบซย้ายไปร่วมทีมแมนเชสเตอร์ซิตีด้วยค่าตัว 25 ล้านปอนด์ เขาจึงได้ตำแหน่งตัวจริงมาครอบครอง แต่เขาก็ยังไม่สามารถระเบิดฟอร์มเก่งออกมาได้ ทำให้มีเสียงวิพากษ์วิจารณ์มากจนมีฉายาตามมา เช่น "ไอ้ช้า" ทำให้แฟนบอลรู้สึกว่าไม่คุ้มค่าตัว 30.75 ล้านปอนด์ที่สโมสรฟุตบอลแมนเชสเตอร์ยูไนเต็ดได้เสียไป แต่ในฤดูกาล 2010-2011 หัวหอกหมายเลขเก้าระเบิดฟอร์มเก่งด้วยความขยันซ้อมและการพูดคุยกับเซอร์ อเล็กซ์ เฟอร์กูสัน โดยนำสามารถทำ 3 ประตูในเกมชนะลิเวอร์พูล 3-2 ทำให้เขาเป็นที่ยอมรับในสายตาแฟนบอลมากขึ้น รวมถึงยังโชว์ฟอร์มสุดยอดทำคนเดียว 5 ประตูในเกมชนะแบล็กเบิร์นโรเวอส์ไปอย่างขาดลอย 7-1 ทำให้เขากลายเป็นผู้เล่นคนที่ 4 ในพรีเมียร์ลีกที่ยิง 5 ประตูในเกมเดียว ต่อจากแอนดี โคล, อลัน เชียเรอร์ และเจอร์เมน เดโฟ และตอนนี้เป็นดาวซัลโวของพรีเมียร์ลีกด้วย แต่ด้วยฟอร์มการเล่นที่ไม่คงที่แน่นอนจึงทำให้เขาตกเป็นตัวสำรองบ่อยครั้ง และการที่เป็นตัวสำรองบ่อยครั้งของเขาทำให้เฟอร์กีไม่พอใจฟอร์มการเล่นของเขา แม้จะมีอยู่บางช่วงที่ฟอร์มเริ่มกลับมาดีขึ้น ในปี ค.ศ. 2011 เฟอร์กีได้ซื้อชีชารีโต กองหน้าชาวเม็กซิโกมาทดแทนในตำแหน่งของเขา และทำให้เบร์บาตอฟไม่ได้รับโอกาสการลงเล่นในสนามให้กับแมนเชสเตอร์ยูไนเต็ดเลยหลังจากนั้น เมื่อเปิดพรีเมียร์ลีก ฤดูกาล 2012-13 ขึ้น เบร์บาตอฟได้ย้ายไปร่วมทีมกับสโมสรฟุตบอลฟูลัมในพรีเมียร์ลีกอีกเช่นกัน